Que la fuente Sistema sea una en concreto no se puede cambiar, creo que eso se decide a nivel sistema operativo editando el registro, cuestión que hagas algunas pruebas y veas si te conviene.
Lo que si puedes es registrar fuentes que vas a utilizar dandolas de alta en propiedades del proyecto o solucion, y esa es la pega, por defecto te va a seguir poniendo la Ms Shell Dialog2, pero ya tú vas cambiando en la propiedad de cada objeto a la que diste de alta ya que te aparece en el menu correspondiente.
En pocas palabras, quieres cambiar la fuente por defecto para tu entorno de trabajo y/o para aplicaciones, pues hay que cambiar en el registro de windows la fuente que representa a la MS Shell Dlg 2, ya que como tal no es una fuente, sino un mecanismo de asignación de fuentes de acuerdo a la configuración regional de cada equipo. En mi caso es Tahoma, pero pudiera ser cualquier otro.