Este mensaje se emite cuando el servidor no puede encontrar la base de datos u otros ficheros vitales para su funcionamiento. Te recomiendo que borres el fichero de instancias en la siguiente ruta.
La causa más probable es que hubieses modificado las relaciones de herencias de alguna de las cajas que tenias instanciadas. Actualmente no es posible relacionar las cajas heredadas de una instancia con otras instancias ya existentes, de manera que el servidor al arrancar espera una estructura de instancias correcta y completa.
En proximas versiones de la plataforma se permitirá relacionar las herencias de una nueva instancia o al modificar una ya existente con instancias ya creadas en el servidor.
Comentar: recién tuvimos este problema en un VPS con Win 2003 Server si bien la solución fue borrar las instancias, agregaría el buscar los archivos *.vsi pues por la versión de win no siempre se encontraran los archivos en el mismo lugar.